在成功守护纽约后，四只忍者龟和他们的伙伴爱普莉尔、凯西·琼斯享受着英雄的生活。直到一个神秘的组织“原初之眼”找上门，为首的是四只看似更强大、更冷酷的“忍者龟”。他们自称是“原版”，而李奥纳多、米开朗基罗等人只是某次基因实验失败的复制品，本不该拥有自我意识。原版们要回收所有“错误代码”，即消灭他们。莱昂纳多带领兄弟们逃亡，开始质疑自己的存在意义。他们必须找到当初创造他们的科学家留下的最后一段基因序列，证明“复制品”也可以拥有灵魂和独一无二的价值。一场关于身份认同与兄弟羁绊的终极暗影之战拉开帷幕。
这个系列前所未有的黑暗哲学转向。动作戏依旧爽快，但核心冲突变成了“何以为真”。反派原版龟的设计非常惊艳，那种阴冷与主角们的热血形成鲜明对比。最后米开朗基罗关于“披萨边角料也能吃”的即兴演讲，是全片最高光时刻。
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乾隆第六次下扬州，表面是为品尝狮子头，实则是找一道灭了江南盐帮满门的食谱。
1945年，一座桥，两边都接到了死命令：一边死守，一边死攻。
失意中年男意外接通20年前的电话，他决定杀死过去的自己来换取成功。
一张失踪的“太平天书”闪卡，竟能召唤出拥有自我意识的真实三国武将。
一封藏在老宅墙缝里的信，让丧偶十年的大叔意外联系上了三十年前的母亲。
一辈子活在父亲阴影下的平庸学者，意外发现父亲学术生涯最大的荣耀，其实源于他多年前一个被忽略的“脚注”。
上一集劫富济贫后，这群跑酷高手被国际雇佣兵盯上，必须保护贫民窟里的放射性原料。
内向的少年能在雨天看到别人记忆中的“晴”，为了拯救失忆的暗恋对象，他必须收集所有的“阳光雨”。